某貨物運輸企業(yè)A為生產(chǎn)企業(yè)甲公司提供運輸勞務(wù)，甲公司共需支付A企業(yè)1110萬元。A企業(yè)將承攬甲公司的運輸業(yè)務(wù)的一部分分給貨物運輸企業(yè)B，A企業(yè)共需支付B企業(yè)555萬元運輸費用（不考慮其他進項稅抵扣）。
非試點自開票納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)差額征收營業(yè)稅
《營業(yè)稅暫行條例》第五條第一款規(guī)定，納稅人將承攬的運輸業(yè)務(wù)分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用后的余額為營業(yè)額。非試點自開票納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)，不論其他聯(lián)運合作方是試點增值稅納稅人還是營業(yè)稅納稅人、是試點一般納稅人還是小規(guī)模納稅人、是非試點自開票納稅人還是代開票納稅人，其支付給聯(lián)運合作方的運輸費用都可以扣除。
根據(jù)《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條（四）規(guī)定，接受貨物運輸勞務(wù)的增值稅納稅人購進或者銷售貨物以及在生產(chǎn)經(jīng)營過程中支付運輸費用的，按照運輸費用結(jié)算單據(jù)上注明的運輸費用金額和7%的扣除率計算的進項稅額可以抵扣。
假設(shè)A企業(yè)是非試點自開票納稅人，此聯(lián)運業(yè)務(wù)應(yīng)繳納交通運輸業(yè)營業(yè)稅：
A企業(yè)應(yīng)繳納營業(yè)稅（1110－555）×3%=16.65（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅1110×7%=77.70（萬元）。
非試點代開票納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)全額征收營業(yè)稅
《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）第七條規(guī)定，代開票納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)的，其計征營業(yè)稅的營業(yè)額為代開的貨物運輸業(yè)發(fā)票注明營業(yè)稅應(yīng)稅收入，不得減除支付給其他聯(lián)運合作方的各種費用。也就是非試點代開票納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)全額征收營業(yè)稅，不論其他聯(lián)運合作方是什么類型的納稅人，不得減除支付給其他聯(lián)運合作方的各種費用。
假設(shè)A企業(yè)是非試點代開票納稅人，此聯(lián)運業(yè)務(wù)應(yīng)繳納交通運輸業(yè)營業(yè)稅：
A企業(yè)應(yīng)繳納營業(yè)稅1110×3%=33.30（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅1110×7%= 77.70（萬元）。
試點一般納稅人接受試點一般納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額可抵扣?！对圏c實施辦法》第二十二條（一）規(guī)定，從銷售方或者提供方取得的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅額準(zhǔn)予從銷項稅額中抵扣。
假設(shè)A企業(yè)、B企業(yè)都是試點一般納稅人，都開具了增值稅專用發(fā)票，此聯(lián)運業(yè)務(wù)應(yīng)繳納增值稅：
A企業(yè)增值稅銷項稅額：1110÷（1＋11%）×11%=110（萬元）。
A企業(yè)可抵扣進項稅額：555÷（1＋11%）×11%=55（萬元）。
A企業(yè)應(yīng)納增值稅：110－55=55（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅也就是A企業(yè)增值稅銷項稅額110萬元。
試點一般納稅人接受試點小規(guī)模納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)按取得的增值稅專用發(fā)票價稅合計金額7%的扣除率計算進項稅額。
《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》第一條（四）規(guī)定，試點納稅人接受試點納稅人中的小規(guī)模納稅人提供的交通運輸業(yè)服務(wù)，按照取得的增值稅專用發(fā)票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額。這是《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條（四）政策的延續(xù)。須要注意的是，已辦理稅務(wù)登記的小規(guī)模納稅人按《稅務(wù)機關(guān)代開增值稅專用發(fā)票管理辦法（試行）》（國稅發(fā)[2004]153號）規(guī)定到稅務(wù)機關(guān)代開增值稅專用發(fā)票，接受勞務(wù)方才能按上述規(guī)定計算進項稅額，接受試點小規(guī)模納稅人交通運輸業(yè)服務(wù)開具的普通發(fā)票不能抵扣進項稅額。
假設(shè)A企業(yè)、B企業(yè)分別是試點一般納稅人和試點小規(guī)模納稅人，都開具了增值稅專用發(fā)票。
A企業(yè)可抵扣進項稅額：555×7%= 38.85（萬元）。
A企業(yè)應(yīng)納增值稅：110－38.85=71.15（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅110萬元。
試點一般納稅人接受非試點營業(yè)稅納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)銷售額差額計算
附件2：《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》第一條（三）1第一款規(guī)定，試點納稅人提供應(yīng)稅服務(wù)的銷售額，按照國家有關(guān)營業(yè)稅政策規(guī)定差額征收營業(yè)稅的，允許其以取得的全部價款和價外費用扣除支付給非試點納稅人（指試點地區(qū)不按照《試點實施辦法》繳納增值稅的納稅人和非試點地區(qū)的納稅人）價款后的余額為銷售額。
假設(shè)A企業(yè)、B企業(yè)分別是試點一般納稅人和非試點營業(yè)稅納稅人。
A企業(yè)銷售額：（1110-555）÷（1＋11%）=500（萬元）。
A企業(yè)應(yīng)交增值稅：500×11%=55（萬元）。
甲公司可抵扣的進項稅應(yīng)該是A企業(yè)開具的增值稅專用發(fā)票所注明的銷項稅額1110÷（1＋11%）×11%=110（萬元）。
試點小規(guī)模納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)增值稅銷售額差額計算
根據(jù)附件2：《交通運輸業(yè)和部分現(xiàn)代服務(wù)業(yè)營業(yè)稅改征增值稅試點有關(guān)事項的規(guī)定》第一條（三）1第二款規(guī)定，試點納稅人中的小規(guī)模納稅人提供交通運輸業(yè)服務(wù)和國際貨物運輸代理服務(wù)，按照國家有關(guān)營業(yè)稅政策規(guī)定差額征收營業(yè)稅的，其支付給試點納稅人的價款，也允許從其取得的全部價款和價外費用中扣除；以及上述第一條（三）1第一款規(guī)定，試點小規(guī)模納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)無論聯(lián)運合作方的納稅人類型，都可以差額計算銷售額。和營業(yè)稅規(guī)定不同，根據(jù)國稅發(fā)[2003]121號及相關(guān)文件規(guī)定，非試點貨物運輸業(yè)納稅人分為自開票納稅人和代開票納稅人；而代開票納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)取得的收入不得減除支付給其他聯(lián)運合作方的各種費用，而試點小規(guī)模納稅人從事聯(lián)運業(yè)務(wù)，可以差額計算銷售額并繳納增值稅。
假設(shè)A企業(yè)是小規(guī)模納稅人。
A企業(yè)銷售額：（1110-555）÷（1＋3%）=538.84（萬元）。
A企業(yè)應(yīng)交增值稅：538.84×3%=16.17（萬元）。
小規(guī)模納稅人提供應(yīng)稅服務(wù)，接受方索取增值稅專用發(fā)票的，可以向主管稅務(wù)機關(guān)申請代開。A企業(yè)可以為甲公司出具增值稅專用發(fā)票。另外，試點納稅人接受試點納稅人中的小規(guī)模納稅人提供的交通運輸業(yè)服務(wù)，按照取得的增值稅專用發(fā)票上注明的價稅合計金額和7%的扣除率計算進項稅額。甲公司可抵扣的進項稅應(yīng)該是1110×7%=77.70（萬元）。
以上分析可知，稅改試點后，納稅人聯(lián)運業(yè)務(wù)應(yīng)區(qū)分聯(lián)運合作各方不同的納稅人類型分別進行稅務(wù)處理。
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