實施辦法規(guī)定，試點納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是實施核定扣除辦法。但是試點企業(yè)購進農(nóng)產(chǎn)品是否必須取得增值稅專用發(fā)票等扣稅憑證？如果未取得扣稅憑證，是否可以根據(jù)投入產(chǎn)出法等核定抵扣增值稅進項稅額？試點中，部分納稅人甚至稅務機關對此存在疑問。
實施辦法第四條規(guī)定，新辦的試點納稅人可參照所屬行業(yè)其他試點納稅人確定的扣除標準。次年，向主管稅務機關申請核定當期的扣除標準，并據(jù)此計算確定當年允許抵扣的農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額，同時對上一年增值稅進項稅額進行調整。核定的進項稅額低于實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分應將進項稅額作轉出處理；超過實際抵扣增值稅進項稅額的，其差額部分可以結轉下期繼續(xù)抵扣。問題是，核定的進項稅額低于實際抵扣的，要作進項稅額轉出，如果沒有留抵稅款，就會產(chǎn)生應納稅額，補稅的同時要不要加收滯納金？超過實際抵扣的，可以結轉繼續(xù)抵扣，如果差額較大短時間內抵扣不完，甚至納稅人注銷時仍有余額，是否允許納稅人申請退稅？筆者建議，對進項轉出產(chǎn)生稅款，由于稅務機關扣除標準調整造成的，不應加收滯納金；超過實際抵扣的，結轉繼續(xù)抵扣；納稅人注銷時仍有余額的，可申請退稅。
植物油加工企業(yè)是本次試點的三個行業(yè)之一。實施辦法施行后，食用植物油加工企業(yè)增值稅稅負將有所提高，中小食用植物油加工企業(yè)將受到較大影響。以江蘇省為例，食用植物油加工企業(yè)的行業(yè)平均稅負為0.89%，實行核定扣除辦法后，僅考慮農(nóng)產(chǎn)品扣除因素，稅負將明顯提高。稅負的提高，對于大型外資植物油企業(yè)來說，由于原料采購、資金雄厚、行業(yè)壟斷等方面的優(yōu)勢，影響不大；但對于中小規(guī)模的食用植物油加工企業(yè)（大多是國有或內資民營中小企業(yè)）來說，影響很大。據(jù)測算，一個產(chǎn)能50萬噸的食用油加工企業(yè)，每年因扣除辦法調整導致的稅負提高，要增加幾千萬元的負擔。而且植物油加工企業(yè)的稅負增加，會向上游傳導，農(nóng)民種植大豆的效益將受影響，本來國內大豆種植業(yè)就受到進口轉基因大豆的嚴重擠壓，本次調整，整個大豆產(chǎn)業(yè)將有可能受到影響，應引起重視。
實施辦法規(guī)定，以購進農(nóng)產(chǎn)品為原料生產(chǎn)銷售液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，增值稅進項稅額抵扣實行核定扣除。實施辦法又規(guī)定，試點納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品取得的農(nóng)產(chǎn)品增值稅專用發(fā)票和海關進口增值稅專用繳款書，按照注明的金額及增值稅額一并計入成本科目；自行開具的農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票和取得的農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票，按照注明的買價直接計入成本。企業(yè)應當準確計算當期允許抵扣農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額，并從相關科目轉入“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目。試點企業(yè)購進農(nóng)產(chǎn)品增值稅實行核定扣除，而成本仍“憑票扣除”，造成成本扣除依據(jù)和增值稅進項扣除依據(jù)不一致，也就導致了企業(yè)所得稅稅前扣除成本的依據(jù)和增值稅進項扣除依據(jù)不一致。
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