北京市科委近日發(fā)布了《關于公示北京市2014年度擬認定高新技術企業(yè)名單的通知》。通知中公示了3495家擬通過2014年度認定的高新技術企業(yè)名單，其中既包括2014年度新認定的企業(yè)，也包括2008年度參加高新技術企業(yè)認定并于2011年度通過復審、今年參加再次認定的企業(yè)。
（一）高新企業(yè)應申請研發(fā)項目鑒定和研發(fā)費用加計扣除
研發(fā)項目的確定是企業(yè)申請高新技術企業(yè)的基礎。為了突出企業(yè)研發(fā)項目的創(chuàng)新性，部分地區(qū)科技部門要求企業(yè)對申請高新的研發(fā)項目進行科技鑒定，取得第三方機構出具的《項目鑒定意見書》來證明公司的持續(xù)研發(fā)能力及項目的創(chuàng)新性。
此前傳聞，北京市國稅局、地稅局在2014年初聯(lián)合下發(fā)《關于加強高新技術企業(yè)研究開發(fā)費用稅收管理有關問題的公告》（北京市國家稅務局公告〔2013〕第27號）文件（以下簡稱“公告”），要求高新技術企業(yè)應按照會計核算及《工作指引》的相關要求，對研究開發(fā)費用進行輔助核算，設置高新技術企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目。公告自2014年1月1日起執(zhí)行。要求高新技術企業(yè)會計核算應完整準確反映企業(yè)實際發(fā)生的各項研究開發(fā)費用，并將輔助賬冊及相關憑證、表格留存?zhèn)洳?。如不符合上述要求，則依據(jù)國稅函〔2009〕203號規(guī)定不得享受高新技術企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠。
部分地區(qū)還要求高新技術企業(yè)在年度財務審計報告中體現(xiàn)當年的研發(fā)費用總額。
鑒于部分地區(qū)已經(jīng)要求高新技術企業(yè)進行項目鑒定以及申請加計扣除，為了實現(xiàn)申報資料的一致性，建議各高新技術企業(yè)按照《研發(fā)費用加計扣除》的歸集口徑，對企業(yè)研發(fā)費用進行輔助核算，設置高新技術企業(yè)認定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目。
《認定辦法》明確要求知識產(chǎn)權是企業(yè)在近三年內(nèi)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式取得；考慮到部分知識產(chǎn)權取得證書的周期較長，08年以來，審查部門放寬對知識產(chǎn)權證書取得日期的要求，即申報當年取得證書的也予以認可。
2012年，科委等部門明確，嚴格按照《認定辦法》的規(guī)定，申報當年取得證書的知識產(chǎn)權將不被認可。
雖然北京市目前并未對獨占許可的認可與否做明確規(guī)定，但就未來趨勢發(fā)展而言，獨占許可方式存在被完全取消的可能性，所以企業(yè)申報高新復審時不能僅僅依靠獨占許可，應盡可能的獲得自主研發(fā)的知識產(chǎn)權。另外，部分地區(qū)對非軟件行業(yè)企業(yè)申報6個軟件著作權的做法產(chǎn)生了質(zhì)疑，在后續(xù)檢查中，對這類企業(yè)軟件著作權在項目中的應用提出了一系列的疑問。
建議企業(yè)申報時，不僅要注意證書取得證書的日期，更要加強知識產(chǎn)權與其產(chǎn)品的關聯(lián)性管理。
《認定辦法》中只規(guī)定了科技、研發(fā)人員的占比，并未對科研人員的證明資料提出明確要求。實務中，部分企業(yè)在申報高新時，只提供了員工花名冊，并沒有提供相關的輔助證明資料，這類企業(yè)在08、09年度陸續(xù)通過了高新認定。2010年起，各監(jiān)管部門也加大了對人員方面的審查力度，企業(yè)在認定或者復審時，不僅需要提供員工花名冊，還需要提供學歷證書、職稱證書等能夠證明員工身份的各類資料。甚至有的審查部門要求企業(yè)后續(xù)提供了與員工簽訂的勞動合同、員工社保繳納證明等資料。
近年來，稅務機關對高新技術企業(yè)的審核要求日益嚴格，為了合理合法地享受稅收優(yōu)惠，建議企業(yè)在人事管理方面應立足全局考慮，提前規(guī)劃調(diào)整，以最嚴格的標準準備高新認定或復審。同時，為確保后續(xù)高新技術企業(yè)等稅收優(yōu)惠資質(zhì)的維持，除了申報需要提交的資料之外，企業(yè)應該準備好人事報表、職工工資單、社保繳納情況、個人所得稅申報系統(tǒng)等等原始基礎資料。
2012年末，科技部、財政部、國家稅務總局聯(lián)合下發(fā)《關于開展高新技術企業(yè)認定管理工作檢查的通知》，決定在全國范圍內(nèi)開展對高新技術企業(yè)認定管理工作的檢查。
自2008年4月《高新技術企業(yè)認定管理辦法》（簡稱《認定辦法》）出臺至今已有六年之久，《認定辦法》在具體實施中也有些許問題需要進一步完善。
明稅建議：
《認定辦法》雖然明確了認定的標準及流程。但是在具體實施中，各地區(qū)的評審尺度把握不一，部分地區(qū)對各申請要件的標準把握也提出了較《認定辦法》較為嚴格的要求?！墩J定辦法》經(jīng)過六年的實施操作，也需要進一步的完善修改。建議各高新技術企業(yè)按照從嚴的原則去把握各要件的準備，認真做好新技術企業(yè)認定和后續(xù)資質(zhì)管理工作，按照要求進行備案工作，提前做好研發(fā)項目鑒定及加計扣除申請準備，做好知識產(chǎn)權的申請安排，梳理研發(fā)費用確定輔助賬和項目的一致性，做好科研人員驗證、證明資料的多樣化準備，以期順利享受稅收優(yōu)惠政策。