第一，股權轉讓信息獲取滯后，案件處理時效性弱。根據7號公告，間接轉讓中國應稅財產的交易雙方和被間接轉讓股權的中國居民企業(yè)，可以主動或按照稅務機關要求向主管稅務機關報告該轉讓事項，并提交相關資料。但在實踐中，鮮有企業(yè)主動向主管稅務機關報告轉讓事項。究其原因，主要有三點：一是被轉讓企業(yè)層級低，無法及時獲悉股權交易情況；二是境外交易方不熟悉中國稅法規(guī)定；三是境外非居民企業(yè)故意逃避納稅義務。稅務機關對非居民稅收征管滯后，加大了事后管理和稅款追征的難度。
第二，扣繳義務履行困難，申報流程不完善。根據7號公告，對股權轉讓方直接負有支付相關款項義務的單位或個人為扣繳義務人。但是，作為扣繳義務人，如何判斷轉讓方在中國境內存在納稅義務？特別是在合理商業(yè)目的又難以判斷的前提下，扣繳義務人并不會花大量精力對此作出判斷。當轉讓方不認可的情況下，扣繳難以執(zhí)行。同時，一旦支付方決定履行扣繳義務，如何來確定扣繳稅款的具體金額也是一個難題。作為支付方來說，獲取計算股權轉讓所得的必要信息非常難，如果涉及多個中間控股公司，計算難度就更大了。
第三，舉證資料來源單一，合理商業(yè)目的判定難度大。目前，對間接股權轉讓合理商業(yè)目的判定依然是實務中的難點，主要面臨兩個問題：一是判定所依據的信息和數據基礎主要依靠交易雙方和被轉讓居民企業(yè)主動提供，信息來源單一和信息獲取不充分會對判定結果造成影響；二是判定對專業(yè)能力的要求很高。特別是其中股權價值構成、功能風險與經濟實質、交易的可替代性等重要因素的判定均較為復雜。當涉及多層間接轉讓和稅收協定安排時，判定難度更大——這對稅務人員的專業(yè)素養(yǎng)有了更高的要求。
第四，轉讓標的架構復雜，實際征稅地判定爭議多。在實際申報環(huán)節(jié)中，雖然7號公告明確了股權轉讓方通過直接轉讓同一境外企業(yè)股權導致間接轉讓兩項以上中國應稅財產，應分別到各所涉主管稅務機關申報繳納企業(yè)所得稅。但實務中還存在很多復雜情況。例如，被轉讓中國企業(yè)的實際管理機構和職能機構所在地存在差異，被轉讓企業(yè)總部設在北京，而其下屬各職能機構則位于多個二線城市，這種情況下由誰來征稅并不明確。
第五，間接轉讓形式多樣，轉讓所得計算復雜。間接股權轉讓應稅所得計算的兩大計算依據是股權轉讓收入和股權轉讓成本。股權轉讓收入方面，在涉及多個中間層或打包轉讓的情況下，由于境內外各標的物公允價值認定存在差異，受益劃分標準不統(tǒng)一，確定合理轉讓價格難度較大。例如，被打包轉讓的標的企業(yè)A公司控股1家中國居民企業(yè)，3家境外企業(yè)，而其中1家境外企業(yè)由控股若干中國居民企業(yè)。在類似情況下，確定每個標的物價格的難度就非常大。同時，在關聯間接股權轉讓所使用的評估方法使用上，成本法、市場法和收益法所計算的評估價格差異較大，對于使用哪種方法稅法并沒有明確的規(guī)定，導致稅務機關和納稅人在選擇股權評估方法上長期存在爭議。
基于上述五大問題，筆者建議稅務機關積極采取措施予以應對。一是加大稅收法規(guī)宣傳力度，建立稅企面對面溝通機制；二是規(guī)范操作，制定非居民企業(yè)申報配套措施；三是加強培訓，提升稅務人員業(yè)務素質和團隊力量；四是進一步明確法律法規(guī)，減少稅企爭議和相關稅務機關之間的爭議；五是不斷探索，總結典型案例指導實踐。
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