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 1.合并企業(yè)應(yīng)按公允價(jià)值確定接受被合并企業(yè)各項(xiàng)資產(chǎn)和負(fù)債的計(jì)稅基礎(chǔ)。 
 2.被合并企業(yè)及其股東都應(yīng)按清算進(jìn)行所得稅處理。 
 3.被合并企業(yè)的虧損不得在合并企業(yè)結(jié)轉(zhuǎn)彌補(bǔ)。 
  B研究院若實(shí)施一般性合并，A公司資產(chǎn)、負(fù)債賬面價(jià)值幾乎等同于公允價(jià)值，無評(píng)估增值可能，A公司資產(chǎn)近5年未彌補(bǔ)虧損500萬元不能在B研究院未來所得中得到彌補(bǔ)。合并后A公司其他應(yīng)付款下B研究院的往來借款，與B研究院其他應(yīng)收款下A公司的借款對(duì)沖，B研究院滾存未分配利潤合并后減少1650萬元。該方案下，B研究院因一般性合并，投資A公司的虧損未獲得稅收彌補(bǔ)。 

B方案：特殊性合并 
  財(cái)稅〔2009〕59號(hào)文件第六條第四項(xiàng)規(guī)定，企業(yè)合并企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時(shí)取得的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，以及同一控制下且不需要支付對(duì)價(jià)的企業(yè)合并，可以選擇按以下規(guī)定處理： 
 1.合并企業(yè)接受被合并企業(yè)資產(chǎn)和負(fù)債的計(jì)稅基礎(chǔ)，以被合并企業(yè)的原有計(jì)稅基礎(chǔ)確定。 
 2.被合并企業(yè)合并前的相關(guān)所得稅事項(xiàng)由合并企業(yè)承繼。 
 3.可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價(jià)值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率。 
 4.被合并企業(yè)股東取得合并企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)，以其原持有的被合并企業(yè)股權(quán)的計(jì)稅基礎(chǔ)確定。
  A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務(wù)處理?xiàng)l件。B研究院若實(shí)施特殊性吸收合并，A公司資產(chǎn)、負(fù)債賬面價(jià)值以原有的計(jì)稅基礎(chǔ)并入B研究院。因A公司凈資產(chǎn)為負(fù)，可由合并企業(yè)彌補(bǔ)的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價(jià)值×截至合并業(yè)務(wù)發(fā)生當(dāng)年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率，B研究院可彌補(bǔ)的A公司虧損額為0.A公司近5年虧損額500萬元無法得到彌補(bǔ)。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補(bǔ)。 
C方案：直接注銷 
  A公司通過程序?qū)嵤┵Y產(chǎn)、債權(quán)、債務(wù)清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產(chǎn)生投資損失。 
  《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅若干問題通知》（財(cái)稅〔2009〕60號(hào)）規(guī)定，企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價(jià)值或交易價(jià)格，減除資產(chǎn)的計(jì)稅基礎(chǔ)、清算費(fèi)用、相關(guān)稅費(fèi)，加上債務(wù)清償損益等后的余額，為清算所得。 
  A公司資不抵債，按照國家稅務(wù)總局清算所得申報(bào)表計(jì)算思路，A公司欠母公司B研究院往來款1300萬元，因A公司無力償還，轉(zhuǎn)作債務(wù)清償收益。經(jīng)初步計(jì)算，清算所得為1150萬元，彌補(bǔ)前5年虧損500萬元后，還有清算所得650萬元，需繳納稅款160萬元左右。而A公司賬面存款只有1萬元，根本無力繳納稅款。長年虧損，資不抵債，無力清償?shù)狡趥鶆?wù)而關(guān)門的企業(yè)，竟然需要繳納清算企業(yè)所得稅，顯然有悖常理。在實(shí)踐中，資不抵債情況下清償收益如何計(jì)算，給執(zhí)行清算的稅務(wù)人員帶來很大困擾，需要國家稅局總局作出進(jìn)一步明確。對(duì)此，天津市地稅局、國稅局《企業(yè)清算環(huán)節(jié)所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計(jì)算限額，幫助企業(yè)走出了因無力償債而關(guān)門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規(guī)定，企業(yè)清算期間確定的不需支付的應(yīng)付款項(xiàng)，需并入清算所得征稅。企業(yè)清算期間應(yīng)支付但由于清算資產(chǎn)不足以償還的未付款項(xiàng)，無需并入清算所得征稅。根據(jù)該辦法規(guī)定計(jì)算，A公司清算所得為-150萬元。 
  《企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則第2號(hào)——長期股權(quán)投資》第十一條規(guī)定，投資企業(yè)確認(rèn)被投資單位發(fā)生的凈虧損，應(yīng)當(dāng)以長期股權(quán)投資的賬面價(jià)值以及其他實(shí)質(zhì)上構(gòu)成對(duì)被投資單位凈投資的長期權(quán)益減記至零為限，投資企業(yè)負(fù)有承擔(dān)額外損失義務(wù)的除外。B研究院對(duì)A公司長期股權(quán)投資為500萬元，雖然A公司凈資產(chǎn)為負(fù)，未分配利潤為-1650萬元，遠(yuǎn)大于實(shí)收資本，但可確認(rèn)長期股權(quán)投資損失只有500萬元。報(bào)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后，在B研究院收益中稅前扣除。 
  B研究院借給A公司的往來款1300萬元，因A公司注銷時(shí)無力償還，B研究院確認(rèn)為壞賬。《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國家稅務(wù)總局公告2011年第25號(hào)）第四十六條第五項(xiàng)規(guī)定，企業(yè)發(fā)生非經(jīng)營活動(dòng)的債權(quán)，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來款1300萬元，屬于非經(jīng)活動(dòng)的借款，稅前無法扣除。 
  因A公司與B研究院為母子公司，歷年來，B研究院為A公司付出500萬元投資成本和1300萬元往來款現(xiàn)金流，會(huì)計(jì)上共形成1800萬元損失。C方案相比前兩個(gè)方案，稅收上也只能就500萬元投資損失進(jìn)行彌補(bǔ)。
D方案：先增資后注銷 
  母公司B研究院通過正常程序，對(duì)A公司增資1300萬元，這時(shí)，A公司實(shí)收資本從500萬元變成1800萬元，凈資產(chǎn)從負(fù)到正，同時(shí)B研究院對(duì)A公司長期股權(quán)投資賬面價(jià)值也從500萬元增加到1800萬元。A公司因1300萬元增資，償還欠母公司B研究院的1300萬元往來款，這時(shí)母子公司無往來借款。然后，關(guān)閉注銷A公司。清算債權(quán)債務(wù)后，虧損150萬元，加上原有公司的經(jīng)營虧損1650萬元，這時(shí)A公司資產(chǎn)負(fù)債表未分配利潤數(shù)為-1800萬元，實(shí)收資本1800萬元，凈資產(chǎn)為0.母公司B研究院可確認(rèn)長期股權(quán)投資損失1800萬元，無與A公司壞賬損失，報(bào)經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審核后，可以稅前扣除。 
方案比較 
  A公司因長期經(jīng)營不善，造成了巨額虧損，給母公司B研究院帶來投資損失及壞賬損失共計(jì)1800萬元， 母公司B研究院從稅收角度出發(fā)，希望能最大限度得到稅收彌補(bǔ)，減少未來母公司的稅收支出。A、B兩方案下，B研究院未獲得任何稅收彌補(bǔ)；C方案下，B研究院只能彌補(bǔ)投資損失500萬元；而D方案下，B研究院全部損失得到彌補(bǔ)，顯然最有利。