）
原告：韶關(guān)市盈錦置業(yè)有限公司。
法定代表人：朱忠明。
委托代理人：袁志強(qiáng)，廣東天行健律師事務(wù)所律師。
委托代理人：劉丹丹，廣東天行健律師事務(wù)所實(shí)習(xí)律師。
被告：廣東省仁化縣地方稅務(wù)局。
法定代表人：朱偉東，局長(zhǎng)。
委托代理人：葉緯，廣東宜方律師事務(wù)所律師。
委托代理人：黃新梅，廣東省仁化縣地方稅務(wù)局科員。
原告韶關(guān)市盈錦置業(yè)有限公司不服被告廣東省仁化縣地方稅務(wù)局作出的仁地稅處[2013]2號(hào)《仁化縣地方稅務(wù)局稅務(wù)處理決定書》稅務(wù)行政管理一案，于2014年6月25日向本院提起行政訴訟。本院于2014年7月1日受理后，于2014年7月2日向被告送達(dá)了起訴狀副本及應(yīng)訴通知書。本院依法組成合議庭，于2014年8月6日公開開庭審理了本案。原告韶關(guān)市盈錦置業(yè)有限公司的委托代理人袁志強(qiáng)、劉丹丹，被告廣東省仁化縣地方稅務(wù)局的委托代理人葉緯、黃新梅到庭參加訴訟。本案現(xiàn)已審理終結(jié)。
被告廣東省仁化縣地方稅務(wù)局于2014年1月9日作出仁地稅處[2013]2號(hào)《仁化縣地方稅務(wù)局稅務(wù)處理決定書》，認(rèn)定原告:
1、2011年3月銷售14間商鋪，面積合計(jì)667.24平方米，申報(bào)的計(jì)稅價(jià)格為10,018.00元/平方米，申報(bào)計(jì)稅價(jià)格明顯低于同期同類商鋪平均售價(jià)。
2、拆除廣東省韶關(guān)市汽運(yùn)集團(tuán)有限公司一樓商鋪面積981.86平方米，回遷面積為992.76平方米，只對(duì)超面積部分10.90平方米在2012年11月按拆遷協(xié)議價(jià)650元/平方米申報(bào)納稅，回遷面積未按規(guī)定申報(bào)納稅。
3、拆除廣東省韶關(guān)市汽運(yùn)集團(tuán)有限公司二樓商鋪面積758.97平方米，回遷面積為858.84平方米，只對(duì)超面積部分99.87平方米在2012年11月按拆遷協(xié)議價(jià)650元/平方米申報(bào)納稅，回遷面積未按規(guī)定申報(bào)納稅。根據(jù)《中華人民共和國(guó)營(yíng)業(yè)稅暫行條例》第一條、第二條第一款、第五條、《中華人民共和國(guó)營(yíng)業(yè)稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第五條、第二十條;《中華人民共和國(guó)城市維護(hù)建設(shè)稅暫行條例》第二條、第三條、第四條；《征收教育費(fèi)附加的暫行規(guī)定》第二條、《國(guó)務(wù)院關(guān)于修改〈征收教育費(fèi)附加的暫行規(guī)定〉的決定》（國(guó)務(wù)院令第448號(hào)）；《廣東省地方教育附加征收使用管理暫行辦法》第六條、第七條；《中華人民共和國(guó)土地增值稅暫行條例》第二條、《中華人民共和國(guó)土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第十六條；《中華人民共和國(guó)稅收征收管理法》第三十二條、第三十五條、《中華人民共和國(guó)稅收征收管理法實(shí)施細(xì)則》第四十七條規(guī)定，處理決定如下：補(bǔ)繳2011年3月銷售14間商鋪調(diào)整計(jì)稅價(jià)格后應(yīng)繳營(yíng)業(yè)稅372,805.67元、城市維護(hù)建設(shè)稅18,640.28元、教育費(fèi)附加11,184.17元、地方教育附加7,456.11元、土地增值稅149,122.26元，合計(jì)559,208.49元。并從滯納稅款之日起按日加收萬(wàn)分之五的滯納金，滯納金為221,362.68元。補(bǔ)繳2012年11月對(duì)被拆遷房產(chǎn)以產(chǎn)權(quán)置換視同銷售應(yīng)繳營(yíng)業(yè)稅1,054,502.81元、城市維護(hù)建設(shè)稅52,725.14元、教育費(fèi)附加31,635.08元、地方教育附加21,090.06元、土地增值稅843,602.25元，合計(jì)2,003,555.34元。并從滯納稅款之日起按日加收萬(wàn)分之五的滯納金，滯納金為204,837.18元。以上應(yīng)繳款項(xiàng)共計(jì)2988963.69元（大寫：貳佰玖拾捌萬(wàn)捌仟玖佰陸拾叁元陸角玖分）。
被告廣東省仁化縣地方稅務(wù)局于2014年7月14日向本院提交了被訴具體行政行為的證據(jù)、依據(jù)：
1、《組織機(jī)構(gòu)代碼證》復(fù)印件，用以證明被告的訴訟主體資格；
2、《關(guān)于重新印發(fā)韶關(guān)等市縣（區(qū)）地方稅務(wù)局職能配置、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)和人員編制規(guī)定的通知》（粵機(jī)編辦[2008]27號(hào)）復(fù)印件，用以證明被告有進(jìn)行稅務(wù)處理的職權(quán)；
3、盈錦公司《企業(yè)法人營(yíng)業(yè)執(zhí)照（副本）》、《稅務(wù)登記證（副本）》復(fù)印件，用以證明原告的經(jīng)營(yíng)、納稅主體資格；
4、韶關(guān)市地方稅務(wù)局稽查局《關(guān)于下發(fā)專項(xiàng)檢查督辦企業(yè)名單的通知》（韶地稅函[2013]8號(hào)）及名單、《稅務(wù)稽查立案審批表》、《仁化縣地方稅務(wù)局稽查局稅務(wù)檢查通知書》（仁地稅稽檢通一[2013]3號(hào)）、《稅務(wù)文書送達(dá)回證》復(fù)印件，用以證明2013年7月15日，仁化縣地方稅務(wù)局稽查局（以下簡(jiǎn)稱稽查局）對(duì)盈錦公司進(jìn)行稅收專項(xiàng)檢查立案（檢查所屬期間：2011年1月1日至2012年12月31日）；
5、14間商鋪的《廣東省商品房買賣合同》、《廣東省地方稅收納稅申報(bào)表（綜合）》、銷售14間商鋪的《稅收通用發(fā)票》、電子發(fā)票記賬清單、《稅收電子轉(zhuǎn)賬專用完稅證》復(fù)印件，用以證明盈錦公司2011年3月銷售14間商鋪(H棟一樓8間、J棟一樓6間），面積合計(jì)667.24平方米，銷售單價(jià)為10,018.00元/平方米；
6、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補(bǔ)償合同》、《國(guó)有土地使用權(quán)出讓合同》、廣東省地方稅收納稅申報(bào)表（綜合）、《稅收電子轉(zhuǎn)賬專用完稅證》復(fù)印件，用以證明盈錦公司2012年度拆除廣東省韶關(guān)市汽運(yùn)集團(tuán)有限公司一樓商鋪面積981.86平方米，回遷面積為992.76平方米。盈錦公司按拆遷協(xié)議價(jià)650元/平方申報(bào)10.90平方米面積營(yíng)業(yè)額，剩余981.86平方米面積未申報(bào)營(yíng)業(yè)額；
7、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補(bǔ)償合同》、《國(guó)有土地使用權(quán)出讓合同》、廣東省地方稅收納稅申報(bào)表（綜合）、《稅收電子轉(zhuǎn)賬專用完稅證》（見證據(jù)六）復(fù)印件，用以證明盈錦公司2012年度拆除廣東省韶關(guān)市汽運(yùn)集團(tuán)有限公司二樓商鋪面積758.97平方米，回遷面積為858.84平方米。盈錦公司按拆遷協(xié)議價(jià)650元/平方申報(bào)99.87平方米面積營(yíng)業(yè)額，剩余758.97平方米面積未申報(bào)營(yíng)業(yè)額；8、盈錦公司銷售14間商鋪的《稅收通用發(fā)票》（見證據(jù)五）、韶關(guān)市盈錦置業(yè)有限公司售房《交易信息登記表》、盈錦公司2011年2月銷售5間同類商鋪的《商品房買賣合同》和《稅收通用發(fā)票》、《仁化汽車站土地置換及房屋拆遷補(bǔ)償合同》、2012年經(jīng)營(yíng)收入分類賬（確認(rèn)車站回遷房面積差部分收入）、《轉(zhuǎn)賬憑證》及《丹霞城市商業(yè)步行街、新車站回遷房面積差異明細(xì)表》、盈錦公司2011年3月銷售二樓商鋪、6月銷售一樓商鋪的《稅收通用發(fā)票》（3份）復(fù)印件，用以證明2013年9月3日，稽查局取得盈錦公司銷售14間商鋪的相關(guān)文書材料；
