本案例中，房地產企業(yè)（乙方）取得政府獎勵企業(yè)的3000萬元，但未發(fā)生《營業(yè)稅暫行條例》規(guī)定的勞務、有償轉讓無形資產或者有償轉讓不動產所有權的行為，因此不征收營業(yè)稅。
（二）企業(yè)所得稅
本案例中，房地產企業(yè)（乙方）取得政府獎勵或財政補貼3000萬元，是否屬于不征稅收入，需要進行具體判定。根據(jù)財政部、國家稅務總局《關于財政性資金、行政事業(yè)性收費、政府性基金有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）規(guī)定，對企業(yè)取得的由國務院財政、稅務主管部門規(guī)定專項用途并經國務院批準的財政性資金，準予作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。
財政部、國家稅務總局《關于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅[2011]70號）對此進一步明確，企業(yè)從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除：
1.企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件；
2.財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；
3.企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。
本案例中，由于土地出讓協(xié)議未規(guī)定資金的專項用途，因此不符合財稅[2011]70號文件所稱的“不征稅收入”的3個條件之一，不能作為不征稅收入處理。企業(yè)應在取得政府獎勵或財政補貼3000萬元時，計入當年應納稅所得額繳納企業(yè)所得稅。
（三）土地增值稅
企業(yè)在實際交納土地出讓金10000萬元后，全額計入開發(fā)成本中的土地征用及拆遷補償費。
根據(jù)《土地增值稅》相關法規(guī)規(guī)定，土地增值稅按照轉讓房地產所取得的收入減除規(guī)定扣除項目金額后的增值額和規(guī)定的稅率計算征收。
《土地增值稅暫行條例實施細則》對扣除項目中“取得土地使用權所支付的金額”規(guī)定為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關費用。實務操作中，房地產開發(fā)企業(yè)收到政府返還的“土地出讓金”或政府給予的補償返還款，雖然是政府對房地產開發(fā)企業(yè)的一種補助，是企業(yè)的一項營業(yè)外收入，但實質上是政府給予房地產開發(fā)企業(yè)的土地價款的折讓，因此應扣減土地成本。返還3000萬元地價款，實質上并不是“取得土地使用權所支付的金額”的范疇。因此，企業(yè)取得的返還款3000萬元，在土地增值稅清算時，應抵減房地產開發(fā)成本中的土地征用及拆遷補償費。
該觀點與大連市地稅局《關于進一步加強土地增值稅清算工作的通知》（大地稅函[2008]188號）觀點一致，即“納稅人應當憑政府或政府有關部門下發(fā)的《土地批件》、《土地出讓金繳費證明》以及財政、土地管理等部門出具的土地出讓金繳納收據(jù)、土地使用權購置發(fā)票、政府或政府部門出具的相關證明等合法有效憑據(jù)，計算取得土地使用權所支付的金額。凡取得票據(jù)或者其他資料，但未實際支付土地出讓金或購置土地使用權價款或支付土地出讓金、購置土地使用權價款后又返還的，不允許計入扣除項目。”
此外，青島市地稅局《房地產開發(fā)項目土地增值稅稅款清算管理暫行辦法》（青地稅發(fā)[2008]100號）規(guī)定，對于開發(fā)企業(yè)因從事拆遷安置、公共配套設施建設等原因，從政府部門取得的補償以及財政補貼款項，應抵減房地產開發(fā)成本中的土地征用及拆遷補償費的金額。
（四）契稅
企業(yè)繳納的土地出讓金10000萬元，應全額計入開發(fā)成本中的土地征用及拆遷補償費，按全額征收契稅。
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房地產開發(fā)企業(yè)（乙方）取得3000萬元政府獎勵或財政補貼，收到獎勵或補貼款時：
借：銀行存款 30000000
貸：營業(yè)外收入 30000000
